Jak opadá voda, začínají další a nikoli malé problémy – a to asanovat životní prostředí. Kromě Městského krizového štábu hlavního města Prahy jsou členy všech okresních a krajských krizových štábů zástupci okresních veterinárních správ, kteří pomáhají s koordinací likvidace zatopených potravin živočišného původu z obchodů, skladů i domácností a samozřejmě i kadáverů utopených zvířat.
V žádném případě se nesmí dostat odpad živočišného původu do komunálního odpadu. Státní veterinární správa ČR vydala dne 15. 8. pro všechny veterinární správy Zásady nakládání se znehodnocenými potravinami a surovinami živočišného původu z oblastí postižených záplavami. Hlavní je, aby obce ve spolupráci s veterináři informovaly občany o nutnosti likvidace zatopených potravin a organizovaly svoz a likvidaci asanačními podniky.
V Praze je situace obdobná, Městská veterinární správa vypracovala plán, jak postupovat a seznámila s ním prostřednictvím ministerstva vnitra jednotlivé městské části. Postup pak je následující – v případě menšího množství mají občané znehodnocené potraviny shromažďovat na určených místech, v případě většího množství – například z obchodů a skladů – může požádat krizový štáb příslušné městské části armádu, která je pro takovéto případy vybavena. V případě jakýchkoli informací existuje na Městské veterinární správě Praha služba přes den na číslech: 2426 2138, 2426 2475, 2426 2261 a fax 2426 1113 a po pracovní době na mobilu 0723 478762.
Podle Josefa Holejšovského, ústředního ředitele Státní veterinární správy ČR, je nezbytné, aby lidé, zejména v nastávajících teplých dnech brali vážně veškeré pokyny veterinářů. S kazícími se potravinami a kadávery zvířat zacházet jen v gumových rukavicích, popřípadě i dalšími ochrannými pomůckami!