V rámci Evropské unie probíhá obchod veterinárním zbožím na zásadě důvěry v úroveň veterinárního dozoru země původu (její úroveň je ovšem pravidelně prověřována orgány EU).
Jistý rozdíl je ve veterinárním dozoru nad zdravotní nezávadností potravin a surovin živočišného původu a v dozoru nad zdravím a pohodou transportovaných živých zvířat, kdy je součástí dozoru i kontrola jejich pohody při přepravě. V současné době plánuje Státní veterinární správa ČR společný postup s Policií ČR (popřípadě s Generálním ředitelstvím cel) při kontrole transportů zvířat.
Potraviny a suroviny z členských zemí EU podléhají namátkové nediskriminační kontrole v místech určení – prověřují se veškeré doklady, popřípadě veterinární osvědčení o zdravotní nezávadnosti a podle potřeby fyzicky jednotlivé zásilky. V případě podezření, že něco není v pořádku, se pak zásilky mohou podrobit i laboratornímu vyšetření.
Podle § 30, odst. 3 veterinárního zákona jsou mimo jiné „příjemci zvířat a živočišných produktů v místě určení povinni hlásit krajské veterinární správě předpokládaný příchod zvířat nejméně 24 hodin předem, příchod živočišných produktů způsobem a v rozsahu odpovídajícím potřebám jejich veterinární kontroly při příchodu na místo určení“.
Pokud některá členská země v rámci svého veterinárního dozoru zjistí ve svých závodech nějaké pochybení, které by mohlo zásadně ohrozit zdraví nebo dokonce život zákazníků, má povinnost to sdělit ostatním členským zemím EU tzv. systémem rychlého varování RASFF (Rapid Alert System for Food and Feed). Toto se týká i „závadných“ zásilek z nečlenských zemí.
Zásilky živých zvířat a zásilky komodit, které musejí být doprovázeny osvědčením o zdravotní nezávadnosti pak musejí příslušné pověřené organizace v místě odchodu zásilky uvést do tzv. systému TRACES (TRAde Certificate and Expert System), na který jsou napojeny i dozorové orgány v místě určení, takže veterinární dozor v místech určení má možnost tyto zásilky včas prověřit. U ostatních komodit a potravin a surovin živočišného původu, kde stačí v rámci obchodování, aby byly zásilky doprovázeny pouze obchodním dokladem, musí být uvedeno schvalovací číslo závodu (subjektu). Údaje o těchto zásilkách se do systému TRACES vkládat nemusejí.
Veterinární zboží z třetích, tj. nečlenských zemí pak může do EU jedině za podmínky, že země i závod jsou schválené pro vývoz do EU, zásilky jsou veterinárně odbavovány na pohraničních veterinárních stanicích vnějších hranic EU a poté uvolňovány na intrakomunitární trh. My takovou pohraniční veterinární stanici máme jen jednu, a to v Praze na letišti v Ruzyni. Stačí to, neboť ČR nemá žádnou přímou hranici se třetí zemí.