Členy všech krizových štábů jsou pracovníci státního veterinárního dozoru. Prvními kroky při hrozící povodni je zabezpečit chovy zvířat, nouzově je ustájit, zajistit krmení a dojení krav, v nejhorším případě zvířata nutně porazit. I svoz mléka mnohdy působí velké problémy.
Následným úkolem je zajišťovat ve zpracovatelských závodech regulérní podmínky pro zpracovávání, to znamená například v mlékárnách, jatkách, skladech a pod. Největší problém ve zpracovatelských závodech pak je zajistit dostatek pitné vody, neboť zde jinou vodu použít nelze.
Dalším úkolem je dozorovat, aby v zatopených prodejnách, pochopitelně včetně supermarketů a skladů, bylo s potravinami živočišného původu naloženo tak, aby se narušené potraviny nedostaly k lidské spotřebě. Všechny takovéto potraviny musejí být zlikvidovány, jelikož záplavová voda s sebou může přinášet nejen choroboplodné zárodky, ale i toxické látky, ať již jde o pesticidy či jiné látky, může obsahovat i dusičnany nebo ropné látky.
Zatopené potraviny se likvidují na základe Pokynu SVS ČR o nakládání se znehodnocenými potravinami, který byl vydán 15. 8. 2002. Lze je ukládat jednak na základě schválení okresnímu krizovými štáby buď ve schválených zahrabovištích nebo likvidovat v asanačních podnicích. Takto získaná moučka bude posléze vyšetřena a podle výsledku bude rozhodnuto o tom, jak s ní bude naloženo.
Jakmile voda opadává, začínají se objevovat další problémy. Zcela jistě se objeví mrtvá těla různých uhynulých zvířat, a to včetně ryb. Je potřeba je neprodleně neškodně odstraňovat. Státní veterinární správa ČR doporučuje lidem pracovat v rukavicích, kadávery ukládat do igelitových pytlů a na pokyn obcí či krizových štábů je dávat na domluvená místa, popřípadě do přistavených kontejnerů. Budou neškodně odstraněny v asanačních podnicích.
Zatím není důvod se obávat nakažení nějakou nebezpečnou nákazou, neboť jde o utonulé jedince, nikoli o zvířata uhynulá na nákazy. Avšak z důvodu rychlého rozkladu a zamoření prostředí je nutné je odstraňovat tak rychle, jak jen to jde. Obdobně je nutné likvidovat i všechny povodní narušené potraviny, které podléhaj zkáze.
U zvířat, která přežila, například v drobnochovech, je třeba uvažovat o možném přeočkování. V takovém případě je nutné kontaktovat soukromého veterinárního lékaře.
V případě jakýchkoli problémů se zvířaty a s potravinami živočišného původu nejen lze, ale je nutné kontaktovat zejména příslušné veterinární správy, které mnohdy pracují v provizorních podmínkách, ale i soukromé veterinární lékaře a samozřejmě pochopitelně další členy integrovaného záchranného systému.
Je třeba připomenout, že Státní veterinární ústavy nabízejí svou kapacitu pro různá nutná laboratorní vyšetření, zejména pak pro vyšetření kvality vody.