Orgány státního veterinárního dozoru se podílejí s ostatními složkami integrovaného záchranného systému na asanaci prostředí, tj. ve spolupráci s orgány ministerstva vnitra, armádou, hasiči, hygienickou službou, armádní veterinární službou a Českou zemědělskou a potravinářskou inspekcí.
Podle informací Státní veterinární správy ČR se ukazuje, že množství potravin živočišného původu, které byly narušeny povodní a musely být zlikvidovány v asanačních podnicích, popřípadě ve spalovnách, by nemělo významně překročit množství 1000 tun. To znamená, že by neměl být nedostatek potravin. Veterinární dozor zajišťuje nejen likvidaci narušených potravin živočišného původu, ale dozoruje i to, aby postižené provozovny mohly být opětně uvedeny do provozu. Odebírají stěry pro kontrolu účinnosti provedené dezinfekce. Například v Praze již více než 50 % z kontrolovaných 106 provozoven bylo uvolněno k původní činnosti. Asi 20 % bude dlouhodobě uzavřeno nebo výhledově zrušeno. V Praze bylo provedeno na 120 kontrol celkem 16 inspektory. Zejména je třeba zmínit i několikahodinové kontroly v Pražské tržnici v Praze 7, ve velkotržnici v Praze 5 – Lipence, v Holešovickém přístavu, Karlíně apod. Z Mrazíren České přístavy bylo zachráněno asi 400 tun potravin a 16 tun chlazených mléčných výrobků. Do asanačních podniků bylo z území Prahy vyvezeno asi 400 tun potravin živočišného původu (maso, masné výrobky, mléčné výrobky, ryby, vejce). Hlavním úkolem pro odbor hygieny Státní veterinární správy je nyní podle Josefa Holejšovského, ústředního ředitele Státní veterinární správy ČR, být i nadále v kontaktu s asanačními podniky a svědomitě dozorovat, aby se zaplavené potraviny nedostaly do tržní sítě. Dále Josef Holejšovský uložil svým podřízeným rozšířit monitoring cizorodých látek na zaplavené oblasti, zejména v okolí chemických továren, zda nedošlo ke kontaminaci živočišných produktů. (Státní veterinární správa ČR bude s největší pravděpodobností od 2. 9. 2002 již působit ve svých prostorách v budově MzeČR na Těšnově)